อาจารย์มณีเข้ารับราชการเป็นอาจารย์ในคณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ โดยตำแหน่งทางวิชาการก่อนเกษียณอายุราชการ คือ ศาสตราจารย์ประจำภาควิชาส่งเสริมการศึกษา คณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ในเวลาต่อมาได้รับพระราชทานตำแหน่งศาสตราจารย์เกียรติคุณ ประจำมหาวิทยาลัยเชียงใหม่

ในระหว่างที่อาจารย์มณีเป็นอาจารย์มหาวิทยาลัย อาจารย์เป็นผู้มีความรอบรู้ในล้านนาคดีอย่างมาก กระบวนวิชาที่อาจารย์สอนล้วนเกี่ยวข้องกับล้านนาคดี อาทิ วิชาวัฒนธรมพื้นบ้าน วิชาล้านนาคดี วิชาสิ่งแวดล้อมล้านนา เป็นต้น นอกจากนี้รับเชิญเป็นอาจารย์พิเศษสอนวิชาการศึกษาและสำรวจโบราณคดี ที่มหาวิทยาลัยพายัพ วิชาวัฒนธรรม มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยในพระบรมราชูปถัมภ์ วิทยาเขตเชียงใหม่ ทั้งยังรับเชิญไปบรรยายพิเศษ และขับค่าวซอตามโอกาสต่างๆ